北京医学院附属中学创建于1960年，主校区位于海淀区花园北路40号，毗邻北京大学医学部、学院路八大学院等高等学府，目前正在进行重建，临时校区位于牡丹园东里2号。北医附中是海淀区一所教育、教学质量较高、社会声誉良好的完全中学， 2017年9月成为北大附中教育集团总校一员。北医附中借助北大附中、北京大学、北大医学部的教育资源，并且结合传统文化方面的优势逐步形成了以生化和传统文化为主的办学特色。
学校在办学理念上继承了北京大学以奉献社会为己任的担当精神和北大医学部严谨认真的敬业精神。，“关注人，培养人，成就人，发展人”尊重、适合、和谐、发展”是我校办学思想的高度概括，是一所满怀责任心、爱心、具有人文情怀的学校。
在办学目标上，由于北医附中坐落于海淀区东部教育核心地区，周边高等院校、科研单位、成熟社区众多，我校办学目标秉承地理位置的优势和与高等院校、集团学校的联合，努力成为海淀区东部一所家长满意、学生向往、引领社区文化发展的学校，培养有爱国情怀、敬业精神的优秀公民。
在办学优质特色上，2015年5月15日，北大附中正式承办北医附中。2017年北大附中教育集团总校成立，北医附中成为集团校一员。以集团化办学的力量助推北医附中的发展，学校充分利用名校的优质教育教学资源，不断提高学校的整体实力，学校在教育教学等多个方面进行充分的改革，由此学校正式进入发展的快车道。我校将保持北医原有的传统文化特色，融合北大附中创新的办学理念，以及北大医学部“求医问学”的精神，最终确立新契机下北京医学院附属中学的办学优质特色项目，即大力开展传统文化课程以及以医疗为背景的生化特色课程。
学校先后被授予“北京市文明礼仪示范校”、“北京市校园文明示范校”、“海淀区文明单位”、“海淀区科技教育示范学校”、“海淀区课堂德育先进单位”、“海淀区非遗传承项目基地校”、“海淀区足球实验学校”等称号。
