北京市第三十九中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女中、耕莘中学(两所寄宿制教会学校)，1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名为北京市第三十九中学。2019年3月，入选北京市首批义务教育学校管理标准达标学校。
北京市第三十九中学前身是光华女中、耕莘中学两所寄宿制教会学校。光华女中初创于1904年，由天主教北京教区若瑟修女会所创办。当时女界之先觉者知非兴学育材、发展女教不足以培养国本、改进社会，因于京师西什库南端若瑟会址约集同志，讲学论道。至民国十一年七月(公元1922年)为培植女学师资起见，设立若瑟女学师范学校及附属小学，后正式呈准立案。民国十八年八月(公元1929年)依照部章，停办师范，改办中学，但高中仍为师范并易名为北平市私立光华女子中学。后由校董事会另推贺德馨为校长。民国二十三年秋季(公元1934年)遵照新颁布学制，将高中师范班逐年结束，初、高级一律改为中学。民国二十六年六月(公元1937年)，为加强督催与指导，增聘田耕莘主教为该校名誉董事长。
耕莘中学原系天主教会设立之天使修院。1946年春，田耕莘任北京(当时为北平)总主教，鉴于修院课程与一般中学不无差异，未能满足毕业修生升学或就业之需求，乃毅然计划将此修院改组为正式中学。同年8月，成立学校董事会，名曰私立耕莘中学董事会，公推田耕莘主教为董事长，即为学校的创始人。同年11月25日，伪教育局核准私立耕莘中学开办。学校聘任辅仁等海内外大学毕业生从事教学工作，至1949年2月北平解放后，在校学生人数由创办伊始的135人增至574人，实验室、图书馆、办公室等分别改建与扩充，学校行政、教学制度、校舍设备逐渐完善，学校组织与学校课程均依照政府指示加以改正，办学质量迅速提高。
自学校实行校长负责制十几年来，三十九中整体取得了可喜的成就。高质量地完成九年制义务教育，初中毕业生升学率近乎百分之百，高考录取率逐年增加，已超过了百分之八十。德育整体化工作推广实施，"五育三层次"得到了全面贯彻和落实，"两操""两课"质量和心理教育科研水平进一步提高。全校各年级同学的综合素质得到加强。一批青年教师颖脱而出，已成为三十九中教育教学的骨干，我校教师很多有质量的论文相继在全国、市、区主要刊物上得以发表。学校获得了西城区中学教学管理达标校、中国青少年素质教育研究实践优秀基地校、西城区心理教育科研特色学校、北京市心理教育实验校、西城区可持续发展教育展示校、西城区社会治安综合治理先进单位、西城区涉台教育基地试点校、西城区先进党支部、西城区教育系统教代会达标工作先进单位、北京市和西城区先进职工之家、北京市模范职工之家、西城区敬老文明先进校、全国教育工会先进单位、西城区普教系统优秀团委等荣誉称号。八十年来，尤其是建国以后半个多世纪以来，北京市第三十九中学向高等院校输送了大批合格毕业生，为国家为社会培养了数以万计的建设者和接班人。其中有很多杰出的毕业生，为国家为人民做出了突出的奉献，为母校赢得光彩!他们中有共和国的部长、省长，全国人大代表，全国政协委员;有科学家、文学家、教育家、艺术家、著名运动员;更多的是在平凡工作岗位上做出贡献的普通劳动者和建设者!在2011年中国科学院院士的增选中，1971年毕业的校友张维岩当选为中科院院士。
北京市第三十九中坐落于北京城市的中心地带，南邻中央所在地中南海，北接宽敞的平安大街，东与北京西什库教堂一墙之隔，西连西四阜景繁华大街。是一所即有古老传统文化，又充满现代化气息的完全中学。多年来，学校坚持正确的办学方向，认真贯彻德、智、体、美、劳全面发展的教育方针，在教育改革的实践中积极探索，逐渐形成“团结、奋进、求实、创新”的优良传统和校风。
北京市第三十九中学现校舍，是近年内市区两级政府投资9千万元，于2002年8月建成的一个以六层教学大楼为主立体建筑的新校舍，总占地面积约1.3万平方米，主体建筑的使用面积 18000 ㎡，可容纳32个教学班，内有化学实验室、物理实验室、生物实验室各3个，总面积900平方米。计算机房、美术、音乐、历史、地理、观摩、多媒体等专用教室10个，总的面积950 ㎡。楼内设有图书馆350 ㎡、阅览室300㎡ 教师电子备课室、学生电视台、多功能厅、报告大厅、形体健身房、体育馆、游泳馆，及可供全校师生千人用餐的食堂。院内有4749 ㎡环形塑胶跑道，人工草皮操场和998 ㎡羽毛场，与六层教学大楼竞相辉映，气派非凡。学校教学设施完善，具有全国领先水平，每个教室均配有计算机、实物展台、背投等多媒体教学设备，网络设施完善，自动化办公条件具全。电子图书阅览，绿色生态展示基地，充分显示出学校教学与管理的高科技水平。
北京市第三十九中学现有24个教学班，其中初中班12个，高中班12个，(外国学生班2个)，全校在校学生近千人。在职教职工130人。
从87年开始实行校长负责制。学校设校务办公室、学生工作处、教学工作处、总务处和外国学生部等行政职能部门，由校长统一领导，统一指挥，分级管理。学校实行年级组与教研组并设制，分工合作共同完成教育教学任务。学校教代会依照有关法规参加学校的民主管理和民主监督。
学校有专任教师70人，高中34人，初中36人，高级职称教师约占40%，近年来学校吸收了一大批具有较强专业知识的青年教师来校任教，他们都具有本科或研究生学历，英语均达到国家四级获四级以上(高至八级)水平，并能熟练的运用计算机、多媒体等现代化手段辅助教学。在学校德师工程、优师工程、名师工程、惠师工程的引导下，一批优秀青年骨干教师成长起来，各学科均具有区校两级学科带头人，在教学领域发挥着重要作用。
学校教风严谨，管理严格，对教师教学业务提出明确要求，“六大教学基本功，九项常态课堂教学标准和十三条教学能力，”实现人人达标。并要求教师认真履行岗位职责，模范遵守职业道德规范。在全校师生的共同努力下，学校教育教学质量逐年提高，中考、会考、高考的某些学科成绩达到同类校的较高水平。学生素质明显改变，在市区举行的各项知识技能比赛中，多名学生多项获奖。学校先后被确定为“中国青少年素质教育研究实践基地”，“北京市西城区心理教育特色校”、“涉台教育试点校”、“教学管理达标校”、“北京市西城区联合国教科文组织可持续发展实验校”。
